Obecnie CCNR funkcjonuje na podstawie podpisanej 17 października 1868 konwencji z Mannheim, zmodyfikowanej przez traktat wersalski (art. 354-362) z 28 VI 1919, porozumieniem z października 1945 i lutego 1950 oraz konwencją z 20 XI 1963 roku ze Strasburga. W ramach konwencji z Mannheim ustanowiona została wolność żeglugi po Renie dla wszystkich państw bez wyjątku. W konsekwencji wojny francusko-pruskiej z 1871 roku Francja przestała być członkiem Komisji, przez co w jej szeregach pozostały wyłącznie państwa niemieckie i Holandia. W 1919 pierwszy raz w historii organizacji w jej skład weszły państwa nie leżące nad Renem, Wielka Brytania i Włochy. W 1936 roku Niemcy wycofały się z CCNR oraz wypowiedziały wszelkie traktaty dotyczące dróg wodnych na ich terytorium. W tym samym roku Włochy przestały brać udział w posiedzeniach komisji, a w listopadzie 1938 całkowicie wystąpiły z CCNR. Na okres II Wojny Światowej organizacja została zawieszona.