Reaktywacja Komisji nastąpiła w październiku 1945 roku. Początkowo miejsce Niemiec zajęły państwa okupacyjne, dopiero w 1950 roku RFN uzyskało prawo posiadania własnego przedstawiciela. Stany Zjednoczone wycofały się z organizacji dopiero w 1964 roku. Kolejne statutowe poprawki wprowadzone zostały w 1963 roku w Strasburgu, wszystkie konwencje zostają zintegrowane w jednolitą postać Zrewidowanej Konwencji o Żegludze na Renie. Od tej pory stanowisko przewodniczącego sprawowane jest przez państwa członkowskie w kolejności alfabetycznej.
Organy thumb|250px|Sala Konferencyjna CCR, Strasburgthumb|250px|Siedziba Izby Apelacyjnej, Strasburg
Podstawowym organem CCNR jest Sesja plenarna, zbierająca się 3–4 razy do roku. W jej skład wchodzą przedstawiciele krajów członkowskich (po jednym na każde państwo). Podjęcie decyzji wymaga absolutnej większości głosów, jednak są one wiążące jedynie dla państw, które zaakceptowały owe decyzje (w praktyce oznacza to jednomyślne podejmowanie decyzji).