w 1889 roku klub rozpoczął także grę w Pucharze Anglii. Jednak później ukazała się przepaść pomiędzy Arsenalem a zawodowymi zespołami z północy. Niektórzy amatorscy piłkarze klubu byli kuszeni przez inne drużyny, które płaciły za grę i po zremisowanym meczu pucharu kraju z Derby County w 1891 roku Arsenal podpisał kontrakt z dwoma zawodnikami. Tym samym klub stał się zawodowy i zmienił swoją nazwę na Woolwich Arsenal.
Nie podobało się to jednak wielu amatorskim klubom z północny miasta i Woolwich Arsenal dostał zakaz gry w lokalnych rozgrywkach przez London Football Association. Zespół mógł rozgrywać wówczas tylko mecze towarzyskie i w Pucharze Anglii. Spróbował więc utworzyć południowy odpowiednik The Football League, jednak nie udało się to. W 1893 roku dostał propozycję gry w Football League, którą przyjął. Arsenal był pierwszym zespołem z południa Anglii, który występował w tej lidze, początkowo uczestniczył w Second Division; w odpowiedzi niektórzy gracze klubu, którzy odrzucili profesjonalizm rozpoczęli grę w drużynie Royal Ordnance Factories.