W miejscach, gdzie lasy tropikalne zostały wycięte, głównie w górach północnego Luzonu, rosną lasy sosnowe, a na innych terenach zbiorowiska trawiaste zwane cogon.
Na wybrzeżu rosną lasy namorzynowe, a nad rzekami lasy galeriowe i – w dolnych odcinkach rzek – lasy namorzynowe, co wiąże się występowaniem terenów podmokłych, stale zalewanych przez ulewy. Na terenach niżej położonych do 150 m n.p.m. rosną lasy monsunowe, które tracą liście w okresie zimowym, kiedy występuje pora sucha. Na terenach wyżej położonych (900–1500 m n.p.m.) rosną lasy bambusowe. Lasy równikowe zajmują wnętrza wysp, które są terenami górzystymi. Przeważają tam niskie drzewa liściaste, porośnięte lianami, mchami i porostami, co sprawia, że są one trudne do przebycia.
Fauna Świat zwierzęcy jest typowy dla Regionu Sundajskiego. Na Filipinach żyją bawoły (m.in. bawół indyjski arni) i jelenie, np. sambar filipiński i introdukowany jeleń wschodni. Spośród ssaków naczelnych występują tu małpy wąskonose, jak np. makak jawajski i wyraki, a z owadożernych – tupaje. Bardzo licznie występują na Filipinach nietoperze, natomiast najbogatszą w gatunki grupą kręgowców są ptaki. Najcenniejszym ich przedstawicielem jest endemiczny dla Filipin małpożer z podrodziny jastrzębi, będący jednym z najrzadszych, najbardziej zagrożonych i najpotężniejszych ptaków na świecie.