Gleby Na Archipelagu Filipińskim głównym typem gleb są nitosole i arkisole. Nitosole występują na Luzonie, Panay, Cebu i Bohol, a także na niektórych terenach Mindanao. Gleby te są pomieszane razem z arkisolami. Do innych gleb należą arenosole, które miejscami występują na Mindanao, a także luwisole i kambisole, które także w niewielkich ilościach pokrywają wyspy – Cebu i Bohol. Doliny rzeczne są pokryte glebami aluwialnymi – fluwisolami, a na terenach bagiennych występują glejsole.
Flora thumb|left|360px|Las tropikalny na Filipinach Na Filipinach występuje prawie 10 tysięcy gatunków roślin, w tym 3 tysiące gatunków drzew. Liczba gatunków jest więc znaczna, jednak przyroda jest zdegradowana. Lasy równikowe pierwotnie pokrywały niemal cały kraj, jednak w ciągu pierwszych 80 lat XX w. Filipiny utraciły ok. 70% swych pierwotnych zasobów leśnych. Obecnie ich pozostałości zajmują jedynie 23,87% powierzchni kraju. Lasy te porastają wnętrza wysp. Jednym z ważnych gatunków drzew jest mahoń filipiński.