Wody Sieć rzeczna jest gęsta, a zasobność wód obfita z racji wysokich opadów. Rzeki są przeważnie krótkie i mają charakter górski, czyli obfitują w progi i wodospady; na większości swych odcinków są nie żeglowne. Rzeki Filipin charakteryzują się także wysokim poziomem zmian swojego wodostanu, co wiąże się z cyklem deszczów monsunowych. W okresie letnim, kiedy w kraju występują ulewne deszcze, wiele rzek podnosi swój poziom wód. Do częstych zjawisk należą powodzie, które rokrocznie zagrażają nawet stolicy kraju.
Rzeki należą do dwóch zlewisk – Oceanu Spokojnego i Oceanu Indyjskiego, wszystkie rzeki są stałe. Główną rzeką kraju jest Mindanao, które – jak sama nazwa wskazuje – płynie na wyspie Mindanao, na długości 550 km. Drugą co do długości rzeką jest Cagayan, płynący na Luzonie, o długości 380 km. Brzegi rzek są przeważnie bagniste i porośnięte zaroślami. Jezior w kraju jest niewiele, największym z nich jest Laguna de Bay o powierzchni 2400 km²; jezioro to jest dawną część Zatoki Manilskiej.