Sezon 1 Od czasu, gdy G. Callen został poważnie ranny pod koniec Pilotfilmu (w serialu Agenci NCIS), mija dłuższy czas, z Callen wraca po okresie rehabilitacji i ponownie działa jako tajny agent. Pierwszy sezon to głównie przeróżne tajne operacje, które są wynikiem śledztw z podejrzeniem o terroryzm lub zabójstwo. W trzynastym odcinku agent Vaile znika bez śladu. Nie udaje się zespołowi znaleźć go. Dopiero w dwudziestym pierwszym odcinku („Odnaleziony”) udaje się złapać jego trop. Niestety, pod koniec odcinka agent Vaile ginie postrzelony przez terrorystę. Inny ważny motyw sezonu to także dążenia Callena do poznania swojej przeszłości.
Sezon 2 Sezon zaczyna się w tym miejscu, w którym skończył poprzedni, czyli podczas wizyty Callena na cmentarzu. Odwiedzał on grób swojej siostry, kiedy nagle zauważył, że ktoś z oddali fotografuje go. Niestety, nie udaje mu się złapać tej osoby, choć w śnie jego pościg za ową osobą był spektakularny. Tymczasem znika bez śladu Marty Deeks, detektyw LAPD, który był krótki czas agentem łącznikowym z NCIS. Krótko potem eksploduje wóz jego partnerki. Ostatecznie okazuje się, że Deeks przeżył, od następnego odcinka dołącza do zespołu już na stałe.