Kościół katolicki w Japonii – część powszechnego Kościoła katolickiego w Japonii. Liczy ok. 509 000 wiernych, co stanowi ok. 0,4% mieszkańców Japonii i daje temu krajowi 94. miejsce na świecie pod względem liczby katolików. Męskie duchowieństwo liczy ok. 1600 osób, z czego ok. 500 osób stanowią kapłani diecezjalni, a pozostałą część zakonnicy. Działa 848 parafii, zgrupowanych w trzech archidiecezjach oraz trzynastu diecezjach. Wszystkie japońskie diecezje należą do obrządku łacińskiego (rzymskokatolickiego). thumb|right|300px|Katedra Najświętszej Marii Panny w Tokio Historia Początki 15 sierpnia 1549 św. o. Franciszek Ksawery wysiadł wraz z 2 duchownymi i 3 neofitami w japońskim porcie Kagoshima na wyspie Kiusiu. Święty głosił kazania w Hirado, Yamaguchi, Bungo i Funai i nawrócił około 3 tysięcy Japończyków, ale odmówiono mu wjazdu do Kioto i zobaczenia cesarza. 20 listopada 1551 święty opuścił Japonię i wyruszył do Chin. Duchowni katoliccy zwykle starali się konwertować na katolicyzm pana feudalnego (daimyō), a za jego przykładem podążali poddani. Tak przyjęli katolicyzm np. feudałowie Bunga, Arima i Omura. Konwersjom sprzyjało także negatywne nastawienie niektórych feudałów (np. Nobunaga Oda) wobec mnichów i klasztorów buddyjskich. W 1582 w Japonii było już ponad 200 000 wiernych i 250 kościołów.