W ciągu kolejnych 10 lat misjonarze ochrzcili dalsze 65 000, co dało łącznie ok. 300 000 wiernych i 134 zakonników.
Prześladowania antykatolickie
Siogunowie, początkowo pozytywnie nastawieni do chrześcijaństwa, zaczęli stopniowo podejrzewać misjonarzy o wrogie zamiary jak szpiegostwo i imperializm europejski. W końcu władze Japonii zakazały wyznawania chrześcijaństwa pod karą śmierci i zobowiązały całą ludność do przyjęcia buddyzmu lub shintōNicholas Bornoff, Japonia. Przewodnik National Geographic, National Geographic Society, 2000, s.334, .. Rozpoczęto okrutne prześladowania katolików japońskich, w tym masowe egzekucje, które miały działać odstraszająco. Kościół katolicki przestał istnieć jako organizacja, zniszczono wszystkie budynki kultowe, pisma religijne i przedmioty, związane z kultem. Na skutek prześladowań katolicyzm zanikł w Japonii, z wyjątkiem regionu Nagasaki, gdzie nadal duża grupa wyznawców praktykowała chrześcijaństwo w ukryciu- stąd ich nazwa kakure-kirishitan ("ukryci chrześcijanie"). thumb|right|300px|Męczennicy z Nagasaki, miedzioryt z 1628 "Ukryci chrześcijanie" schronili się na odległych wyspach (np. Gotō) i w trudno dostępnych wioskach.