30 czerwca 1979 Jan Paweł II wyniósł go do godności kardynalskiej, nadając tytuł prezbitera S. Leone I. Etchegaray brał udział w sesjach plenarnych Kolegium Kardynalskiego w Watykanie, a w 1981 został członkiem Rady Kardynalskiej ds. badania Organizacyjnych i Ekonomicznych Problemów Stolicy Świętej. W kwietniu 1984 przeszedł do pracy w Kurii Rzymskiej, obejmując stanowisko prezydenta Papieskiej Komisji Iustitia et Pax oraz Papieskiej Rady Cor Unum; ze stolicy arcybiskupiej Marsylia zrezygnował rok później (13 kwietnia 1985). W listopadzie 1994 został powołany na prezydenta Centralnego Komitetu i Rady Prezydialnej Centralnego Komitetu Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. W grudniu 1995 zrezygnował z prezydentury Rady Cor Unum, a w czerwcu 1998 z prezydentury Komisji Iustitia et Pax (po osiągnięciu wieku emerytalnego 75 lat).