Ta organizacja diecezji przetrwała do zmian dokonanych w związku z rozbiorami Polski. Zasługą biskupa Łubieńskiego był dalszy rozwój sieci parafialnej.
W 1627 były w diecezji 73 parafie, podzielone pomiędzy 10 wyżej wspomnianych dekanatów, i zamojska kolegiata. Oprócz tego w diecezji było 5 męskich klasztorów. Liczba wiernych wynosiła ok. 40 000. Należy pamiętać, że większość mieszkańców tych ziem była wówczas unicka, a część pozostała przy prawosławiu. Liczba protestantów szybko spadała. W tym czasie parafie w diecezji prowadziły aż 16 szpitali (w XV w. – 1, w XVI – 3) i 35 szkół parafialnych. Przez szpital (hospicjum) rozumiano wówczas niewielki przytułek dla 5–10 chorych i niedołężnych. Aktywnie działały bractwa kościelne. Wizytacja z 1628/1629 wymienia ich 6: Bożego Ciała, literackie, 2 różańcowe i 2 św. Anny. W 1622 pojawił się pierwszy biskup pomocniczy Abraham Śladkowski i instytucja ta utrzymała się do końca istnienia diecezji. Wcześniej biskupowi pomagali w rządzeniu diecezją mianowani przez niego oficjariusze i wikariusze generalni, często funkcje te pełniła jedna osoba. Od tej pory oficjariuszem i wikariuszem generalnym był biskup pomocniczy. W 1640 Katarzyna Zamoyska z Ostrogskich, żona II ordynata, Tomasza Zamoyskiego, ufundowała pierwsze w diecezji seminarium dla 12 alumnów.