Seminarium zorganizowano przy kolegiacie jako część Akademii Zamojskiej. Później znaleźli się fundatorzy dla jeszcze 11 alumnów.
Kozackie wojska Chmielnickiego dotarły i do diecezji chełmskiej. Biskup Stanisław Pstrokoński wyliczył w 1653, że 54 kościoły obrabowano, a 10, w tym katedrę w Krasnymstawie, zniszczono. 36 księży zabito, 40 zmarło w czasie zarazy, która towarzyszyła wojnie. Kolejni biskupi zajęli się przywróceniem diecezji do życia. Tomasz Leżeński przeniósł w 1664 katedrę do chełmskiego murowanego kościoła pw. Rozesłania Apostołów, postawionego w 1585 na miejscu dawnej drewnianej katedry. Pod koniec XVII w. biskupi, w miejsce zniszczonego zamku, zbudowali sobie okazały dwór położony również w Skierbieszowie, ale po drugiej (północnej) stronie rzeki Wolicy. Dwór przetrwał do 1915 Powiększyła się ilość prałatur kapituły katedralnej. W 1639 o archidiakonię, w 1642 o kustodię, w 1663 o scholasterię, w 1680 o kancelarię i kantorię. Przybyły również dwie kanonie. Wszystkie godności fundatorzy, wśród których byli biskupi, ale również inni księża,