Wtedy to Isildur, w młodym wieku według długości życia Dúnedainów, dokonał wielkiego czynu – uratował ostatni owoc starodawnego królewskiego drzewa Nimloth (z którego później w Śródziemiu wyrosło Białe Drzewo), nim na rozkaz monarchy zostało spalone. Uciekł przed zatopieniem wyspy (3319 rok), płynąc do Śródziemia, na czele trzech statków (jego ojciec miał cztery, a brat jeszcze dwa).
Isildur, wraz z Anárionem, wylądował na południu, gdzie obaj założyli jedno z Królestw Númenorejskich na Wygnaniu – Gondor (3320 rok). Wspólnie rządzili państwem ze stolicy w Osgiliath, a swego ojca uznawali za pierwszego władcę Gondoru i zwierzchnika, noszącego tytuł Najwyższego Króla. Domeną samego Isildura było Ithilien, położone na wschodnim brzegu Anduiny, zaś główną siedzibą Minas Ithil.
Wojna z Sauronem W 3429 roku Sauron zaatakował te tereny i zdobył Minas Ithil. Isildur, wraz z rodziną, uciekł w dół Anduiny, po czym udał się na północ, do Elendila. Po zawarciu przez niego przymierza z Gil-galadem, władcą elfów, uczestniczył w wyprawie na Mordor. Walczył wtedy w bitwie na Dagorlad (3434 rok) i brał udział w oblężeniu Barad-dûr (3434 – 3441).