Geomorfologia Rospuda płynie poprzez typowe formy rzeźby młodoglacjalnej: jeziora rynnowe, ozy (długie, kręte wzgórza) i płaskie powierzchnie sandrowe. Krajobraz ten jest wynikiem działalności lądolodu skandynawskiego w okresie zlodowacenia bałtyckiego: rynna, w której płynie Rospuda, została wyżłobiona przez potok płynący pod lodowcem; ozy powstały z materiału akumulowanego przez płynącą wodę; a sandr to rozległy stożek napływowy, zbudowany ze żwirów i piasków osadzonych przez wody wypływające spod lodowca.
Szata roślinna thumb|250px|Rzeka Rospuda pomiędzy Jeziorem Okrągłym a Sumowo Bakałarzewskie, koło wsi Kotowina
Większość opublikowanych danych na temat szaty roślinnej Doliny Rospudy dotyczy jej odcinka wykształconego wzdłuż dolnego biegu rzeki, między uroczyskiem Święte Miejsce a ujściem do jeziora Rospuda Augustowska. Dno doliny zajmuje tam obszar torfowiskowy tworzony m.in. przez torfowiska niskie i wysokie, przede wszystkim jednak przez przepływowe (soligeniczne) torfowiska przejściowe o naturalnych, niezaburzonych przez człowieka, stosunkach wodnych. W uproszczeniu, torfowisko to utrzymuje stały wysoki poziom wody, dzięki czemu nie zarasta drzewami i krzewami. Różni się tym od zbliżonych obszarów bagiennych naruszonych ingerencją człowieka (takich jak np.