Bagna Biebrzańskie), które dla utrzymania roślinności nieleśnej wymagają powtarzanych zabiegów ochrony czynnej, np. regularnego koszenia.
Torfowiska soligeniczne, porośnięte przez mechowiska z klasy Scheuchzerio-Caricetea nigrae, zajmują powierzchnię ponad 100 ha i stanowią najcenniejsze siedlisko przyrodnicze doliny. Bliżej koryta rzeki występują szuwary trzcinowe (Phragmitetum australis), mozgowe (Phalaridetum arundinaceae), a także mannowe (Glycerietum maximae). Starorzecza są w dużym stopniu zarośnięte przez osokę aloesowatą (Stratiotes aloides). Znaczną powierzchnię zajmują również szuwary wielkoturzycowe – Caricetum appropinquatae, Cicuto-Caricetum pseudocyperi, rzadziej Caricetum distichae, Caricetum ripariae i Thelypteridi-Phragmitetum. Strefę otwartych torfowisk okalają bagienne lasy i zarośla sosnowo-brzozowe, zaliczane do zespołu Thelypteridi-Betuletum pubescentis, zaś w bezpośrednim sąsiedztwie mszarów rozległe zarośla bądź bardzo luźne, niskie lasy (z brzozami, sosnami i wierzbami), częściowo reprezentujące zespół brzozy niskiej (tzw. rokiciny) Betulo-Salicetum repentis.