Dalej, przy granicy z mineralnymi zboczami doliny, występują borealne świerczyny na torfie (Sphagno-girgensohnii Piceetum) oraz modelowo wykształcone i bardzo dobrze zachowane olsy (Carici elongatae-Alnetum). thumb|left|170px|Miodokwiat krzyżowy, gatunek mający tu jedyne stanowisko w Polsce Niewielkie płaty innych zbiorowisk roślinnych rozrzucone są w różnych częściach doliny. Należą do nich: torfowisko wysokie w tzw. fazie „dolinkowej” (roślinność ze związków Rhynchosporion albae i Sphagnion magellanici), źródliska niewapienne ze zbiorowiskiem rzeżuchy gorzkiej Cardamine amara i śledziennicy skrętolistnej Chrysosplenium alternifolium, łęgi olszowo-jesionowe (Fraxino-Alnetum) oraz bory bagienne Vaccinio uliginosi-Pinetum. Na mineralnych wyniesieniach w obrębie doliny i na jej zboczach występują lasy liściaste o charakterze grądów (Tilio-Carpinetum), często z przewagą lipy w drzewostanie. W miejscu części lasów grądowych występują obecnie sztucznie nasadzone drzewostany z dominacją świerka. thumb|240px|Kukułka krwista żółtawa Dolina Rospudy jest objęta ochroną ze względu na występowanie rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Rośnie tam m.in.