Zastosowanie Protokół EAP jest najczęściej używany w połączeniach: korzystających z protokołu PPP, korzystających z protokołu IEEE802 (wymagane są urządzenia sieciowe wspierające obsługę tego protokołu): dla sieci przewodowych – IEEE802.1X, dla sieci bezprzewodowych – IEEE802.11i.
Protokół EAP posiada wbudowane mechanizmy pozwalające na eliminację pojawiających się duplikatów pakietów i ponowną retransmisję zagubionych pakietów. Za retransmisję pakietów odpowiedzialny jest serwer uwierzytelniający, natomiast suplikant musi zajmować się eliminacją duplikatów pakietów.
Bezpośrednio w protokole brakuje obsługi mechanizmu fragmentacji. Jeśli jakaś metoda uwierzytelniania potrzebuje przesyłać porcje danych, które są większe niż maksymalny rozmiar ramki łącza danych, to fragmentacja musi być zrealizowana w ramach tej metody.