Armii nakazało Braemerowi (przed wojną aktywnemu członkowi SS) przeprowadzenie bardziej zorganizowanej „akcji oczyszczającej”Niemieccy historycy napisali, iż Braemer „nadawał z Bischoffem na tej samej fali”. Patrz ..
Generalna rozprawa z bydgoszczanami rozpoczęła się 8 września. Braemer wydał tego dnia rozkaz w sprawie oczyszczenia miasta ze „zbrodniczych elementów polskich”. Niemieccy żołnierze i policjanci szczelnym kordonem otaczali zamieszkane przez Polaków dzielnice, po czym systematycznie przeszukiwali dom po domu, mieszkanie po mieszkaniu. W przypadku znalezienia broni (do tej kategorii mogła być zaliczona pamiątkowa szabla, myśliwska dubeltówka czy pałka policyjna) lokatorów płci męskiej rozstrzeliwano na miejscu. Pozostałych „podejrzanych” kierowano do prowizorycznego więzienia zorganizowanego w koszarach 15 PAL. Do rana 9 września uwięziono około 400-500 osób, a 10 września liczba zatrzymanych wzrosła do 1400. Czystki dotknęły przede wszystkim dzielnice uznane przez okupanta za najbardziej niebezpieczne, takie jak SzwederowoSzwederowo było pacyfikowane przez Niemców dwukrotnie – 7 i 10 września. 8 września urządzono wielką obławę w Śródmieściu. Mniejsze łapanki miały także miejsce w innych dzielnicach miasta – na Jachcicach oraz w okolicy ul. Kujawskiej.. 10 września dowództwo 580.