Większość (ok. 30 tysięcy) żydów, którzy wybrali w 1492 wygnanie, udała się do Portugalii. Jednakże w 1497 król Manuel również nakazał żydom przyjęcie chrztu lub opuszczenie kraju, przy czym w trakcie realizacji edyktu dochodziło do licznych aktów przemocy wobec żydów oraz zmuszania ich do konwersji. Również tam nie wierzono w szczerość nawróceń, a w 1506 w Lizbonie doszło do masakry „nowych chrześcijan”. Począwszy od 1515 król Jan III zaczął zabiegać o ustanowienie w Portugalii inkwizycji, co ostatecznie udało się w 1536. Do końca XVI wieku ponad 5 tysięcy marranów zostało osądzonych przez portugalską inkwizycję, z czego ponad 300 spalono na stosie. Spowodowało to falę emigracji marranów z Portugalii do Hiszpanii, gdzie od ok. 1530 tamtejsze trybunały w niewielkim stopniu interesowały się potomkami nawróconych Żydów. Nadzieje na łagodniejsze traktowanie jednak nie ziściły się, wręcz przeciwnie, doszło do ponownego ożywienia inkwizycyjnej kampanii przeciwko „nowym chrześcijanom”, która trwała aż do około 1730 i rozszerzyła się także na kolonie hiszpańskie w Ameryce. W tym stanie rzeczy marrani zaczęli emigrować także do innych krajów – Włoch, Francji, a zwłaszcza Holandii, gdzie wielu z nich otwarcie powróciło do judaizmu.