W latach 1976–1977 razem z Mortezą Motahharim, Mohammadem Behesztim, Alim Akbarem Haszemim Rafsandżanim, Mohammadem Dżawadem Bahonarem, Mohammadem Mofattehem i Mohammadem Rezą Mahdawim Kanim był wśród twórców , które miało budować poparcie dla ruchu na rzecz rewolucji islamskiej, według koncepcji ajatollaha Chomejniego, przejmując faktyczną kontrolę nad meczetami, szkołami religijnymi i stowarzyszeniami religijnymi. Odegrały one później znaczącą rolę podczas rewolucji islamskiej. Działał również w kołach literackich i teologicznych, zajmując się pisaniem tekstów religijnych i tłumaczeniem ich z języka arabskiego na perski. W lecie 1978 został aresztowany po raz kolejny.
Rewolucja islamska
thumb|Ali Chamenei w 1979 W czasie rewolucji islamskiej był członkiem Rady Rewolucyjnej, a następnie wszedł do kierownictwa . Był bliskim współpracownikiem Chomejniego, który dla podkreślenia ich bliskich relacji nazywał go Alim Agą. Był w opozycji wobec pierwszego prezydenta Iranu Abol Hassana Bani-Sadra i przyczynił się do jego odejścia z urzędu. 27 czerwca 1981 został ciężko ranny w zamachu zorganizowanym najprawdopodobniej przez Ludowych Mudżahedinów. Po zamachu na trwałe stracił władzę w prawej ręce.