Po śmierci Mohammeda Behesztiego w zamachu zorganizowanym przez tę samą organizację został sekretarzem generalnym Partii Republiki Islamskiej.
Prezydent Iranu thumb|Informacja prasowa o wyborze Alego Chameneiego na prezydenta Iranu
2 października 1981 został wybrany na prezydenta Iranu, uzyskując blisko 95% głosów. Przedstawił następnie kandydaturę Alego Akbara Welajatiego na stanowisko premiera kraju, jednak zawetował ją parlament. Zaakceptowany został drugi wskazany przez prezydenta kandydat – Mir-Hosejn Musawi. Chomejni, Chamenei i Musawi w zgodzie kierowali polityką irańską przez kolejne kilka lat. Chamenei związany był z konserwatywnym skrzydłem Partii Republiki Islamskiej.
W 1985 Ali Chamenei uzyskał reelekcję. Po tym wydarzeniu próbował doprowadzić do usunięcia Musawiego ze stanowiska premiera, jednak przeszkodził mu w tym Chomejni. Relacje między Chameneim i Musawim były od tego momentu złe. Widząc spory wewnętrzne w Partii Republiki Islamskiej, Chamenei razem z Alim Akbarem Haszemem Rafsandżanim przekonał ajatollaha Chomejniego do jej rozwiązania.