Dwa pozostałe dotyczą działań programu niemających wpływu na bezpieczeństwo jego użytkownika.
Używane algorytmy AES Serpent Twofish
Możliwe jest też ich łączenie, czyli szyfrowanie po kolei kilkoma niezależnymi metodami np. AES+Twofish, Twofish+Serpent, AES+Twofish+Serpent, etc.
Funkcje skrótu (ang. hash functions): RIPEMD-160 SHA-512 Whirlpool.
Szyfrowanie partycji systemowej TrueCrypt może zaszyfrować partycję systemową lub cały dysk systemowy (tylko systemy Microsoft Windows), czyli partycję, na której zainstalowany jest system Windows i z której on startuje.
Szyfrowanie partycji systemowej zapewnia najwyższy poziom prywatności i bezpieczeństwa, ponieważ wszystkie pliki, łącznie z wszystkimi tymczasowymi plikami, które tworzy Windows i aplikacje na partycji systemowej (często bez wiedzy i zgody użytkownika), pliki hibernacji, pliki wymiany, nazwy i położenia plików, które użytkownik otwiera, programy, które uruchamia, historie przeglądanych zasobów internetowych itp., są zawsze całkowicie zaszyfrowane (nawet w przypadku nagłego odłączenia przewodu zasilania).