Szyfrowanie partycji systemowej wymaga podania hasła każdorazowo przed uruchomieniem i załadowaniem systemu operacyjnego (tzw. pre-boot authentication). Mechanizm przedstartowego uwierzytelniania jest obsługiwany przez TrueCrypt Boot Loader – specjalny, niezaszyfrowany program ładujący, który znajduje się w pierwszym sektorze dysku systemowego oraz na TrueCrypt Rescue Disk – dysku ratunkowym używanym w przypadku uszkodzenia programu ładującego i niemożności odszyfrowania i załadowania zaszyfrowanego systemu.
Szyfrowanie jest całkowicie transparentne dla użytkownika – po podaniu prawidłowego hasła praca na zaszyfrowanym systemie operacyjnym nie różni się niczym od pracy na niezaszyfrowanym systemie.
Historia wersji WersjaData wydaniaNajważniejsze zmiany1.002.01.2004 Działał na systemach Windows 98/Me oraz Windows 2000/XP. Wersja 1.0a, wydana dzień później, usunęła obsługę Windows 98/Me, ponieważ autor sterowników dla E4M (na którym oparty jest TrueCrypt) nie dał zgody na ich użycie.2.007.06.2004 Dodany algorytm AES-256 (Rijndael).2.107.06.2004 Został wydany na SourceForge.net2.1a01.10.2004 Usunięto algorytm szyfrowania IDEA.3.010.12.2004 Można tworzyć ukryte wolumeny. Dodano algorytmy Serpent i Twofish. Dodano szyfrowanie kaskadowe (np.