1999-2003: Peugeot Sezon 1999 Panizzi rozpoczął od styczniowego występu w Rajdu Monte Carlo samochodem Subaru Impreza WRC. Od 4. do 7. odcinka specjalnego Panizzi był liderem. Następnie spadł na drugie miejsce w klasyfikacji generalnej rajdu, jednak na 11. odcinku specjalnym uległ wypadkowi i był zmuszony wycofać się z zawodów. Wiosną 1999 Panizzi rozpoczął testy nowym samochodem rajdowym Peugeota, Peugeotem 206 WRC. Jeden z pierwszych modeli „206” został rozbity przez Panizziego podczas tych testów, gdy Francuz uderzył w betonowy murek. Debiut Peugeota 206 WRC nastąpił w maju 1999 podczas Rajdu Korsyki. Jednak zarówno Panizzi, jak i jego partner z zespołu, François Delecour, nie ukończyli rajdu na skutek problemów technicznych samochodu. Natomiast w sierpniu bracia Panizzi wystartował w Rajdzie Finlandii i zajęli w nim trzydzieste trzecie miejsce. W październiku 1999 Panizzi po raz trzeci w karierze stanął na podium w mistrzostwach świata. Był drugi w Rajdzie San Remo i przegrał o 18 sekund z Finem Tommim Mäkinenem. W sezonie 1999 wystartował w jeszcze jednych zawodach, Rajdzie Wielkiej Brytanii, który ukończył na siódmej pozycji.