W 437 towarzyszył Aecjuszowi w czasie podróży do Konstantynopola z okazji zaślubin Walentyniana II z Licynią Eudoksją. W 440 wygłosił panegiryk na cześć Aecjusza z okazji pierwszej rocznicy urodzin jego syna Gaudencjusza. W 443 działał w Hiszpanii jako głównodowodzący wojsk rzymskich (magister utriusque militiae), którym został mianowany dwa lata wcześniej. Na tym stanowisku zastąpił swego teścia Flawiusza Asturiusza, i odniósł znaczne sukcesy w walce z bagaudami w Hiszpanii Tarrakońskiej. Dokładniejszy przebieg walk w Hiszpanii nie jest znany. Merobaudes został szybko odwołany z Hiszpanii na rozkaz cesarza, co mogło być wynikiem intryg dworskich. Kronikarz Hydacjusz informuje zdawkowo, że powodem odwołania Flawiusza była invidia nonnullorum (zazdrość co poniektórych).