Dochody z nich przeznaczane były do tej pory na utrzymanie i remonty domu.
W latach 1950–1952, gdy władze oświatowe nie wyrażały zgody na naukę małoseminarzystów w Carolinum, wygospodarowano miejsce na klasy szkolne i zorganizowano tu studium domowe.
W 1951 roku przeniesiono z Opola do Nysy Wyższe Seminarium Duchowne. Dawny klasztor bożogrobców okazał się jednak zbyt mały i rok później część kleryków oraz kilku profesorów zamieszkało w budynku przy ulicy Bramy Grodkowskiej. Niższe seminarium przeniesiono natomiast w 1952 roku do Opola.
W 1954 roku w nyskim domu znalazło schronienie 20 księży z różnych miejsc Polski prześladowanych przez komunistyczne władze: oskarżonych o tzw. antyludową postawę i wysiedlonych ze swoich parafii.
W 1994 roku przeniesiono Wyższe Seminarium Duchowne z powrotem do Opola. 15 sierpnia 1997 roku przy kościele św. Franciszka w Nysie utworzono parafię św. Franciszka z Asyżu w Nysie, wydzieloną z parafii św. Dominika.