Nyscy kapucyni prowadzili w XVIII wieku wędrowne apostolstwo w okolicznych wioskach, a w samym mieście upowszechnili tercjarstwo, powierzona im została także ambona katedralna we Wrocławiu. Popołudniowe nabożeństwa wielkopostne w ich kościele na Morawskim Przedmieściu cieszyły się tak dużą popularnością, że władze miejskie Nysy zmuszone były w tym czasie opóźniać zamykanie Bramy Wrocławskiej, aby liczni wierni mogli spokojnie powrócić do swoich domów.

W klasztorze przez długi czas istniał nowicjat oraz stałe studia filozoficzne i teologiczne. Znajdująca się tu biblioteka liczyła ponad 4 tysiące tomów.

Regres zakonu rozpoczął się po opanowaniu Śląska przez Prusy w roku 1742. Dekrety królewskie zabraniały przyjmowania kandydatów spoza granic Prus, co miało istotne znaczenie w sytuacji, gdy znaczna część księstwa nyskiego pozostała w Austrii. Stopniowo zmniejszała się więc liczba braci konwentu nyskiego, miasto było bowiem wówczas katolicką enklawą na protestanckim Śląsku.