Sekularyzacja dokonana w 1810 roku doprowadziła do likwidacji domu zakonnego. Osiemnastu przebywającym tu kapucynom nakazano wówczas ubrać się w stroje cywilne i opuścić klasztor. Zawłaszczono na rzecz skarbu państwa pruskiego wszystkie budynki kościelne i klasztorne wraz z całym wyposażeniem, w tym bibliotekę. Liczne precjoza kościelne wystawiono na sprzedaż. Książki ze wszystkich nyskich klasztorów zgromadzono w kościółku św. Anny przy kościele św. Jakuba, a najcenniejsze z nich przewieziono do Wrocławia, tworząc wtedy dzisiejszą Bibliotekę Uniwersytecką.
Zabudowania kościelno-klasztorne nabyli drogą licytacji bracia Hartwig z Nysy, którzy urządzili w nich miejsce weekendowego wypoczynku dla mieszkańców miasta i okolic. Powstała tu restauracja, piwiarnia, sala taneczna, ustawiono stoły bilardowe. To przedsięwzięcie jednak nie powiodło się i budynki ponownie wystawiono na sprzedaż.