W 1814 roku przed wejściem do kościoła, na fundamentach dawnego budynku kapucyńskiego wzniesiono piętrowy dom dla zarządcy-dyrektora, a rok później po przeciwnej stronie powstał parterowy domek (następnie rozbudowany) dla buchaltera i skarbnika (rendanta).
Do świątyni, która ze względu na konstytucje kapucyńskie do tej pory nie posiadała organów, sprowadzono w 1814 roku ten instrument muzyczny z kłodzkiego kościoła pobernardyńskiego, oddanego wojsku. W Nysie został on odnowiony, a w 1939 roku przebudowany przez organmistrza Carla Berschdorfa, który ubogacił jego dyspozycje oraz zmienił trakturę z mechanicznej na elektromechaniczną.
W 1851 roku do domu księży emerytów przybyła grupa jezuitów ze znanym kaznodzieją o. Karolem Antoniewiczem. Przebywali oni w Nysie do roku 1872, kiedy to w związku z prowadzonym przez państwo pruskie Kulturkampfem zmuszeni zostali do opuszczenia Śląska.
W 1872 roku dokonano gruntownej renowacji wnętrza kościoła, w wyniku której zatarte zostały prawie całkowicie kapucyńskie ślady. Ołtarz główny i obydwa boczne zastąpiono nowymi, szafowymi. Wymieniono także ambonę i ławki. W ołtarzu Matki Boskiej umieszczono figurę św. Józefa, wymieniono statuę św. Antoniego w drugim bocznym ołtarzu na nową, bez zmian pozostała jedynie kaplica św. Wawrzyńca.