Jacka w kanadyjskim Quebecu, w Seminarium Matki Bożej Anielskiej w Niagara Falls w stanie Nowy Jork oraz w Seminarium Najświętszej Maryi Panny w Montrealu.
W czerwcu 1873 roku tragiczna śmierć ojca niemal zakończyła seminaryjną formację 20-letniego Michaela. Gdy przybył na pogrzeb do Waterbury, zastanawiał się nad opuszczeniem seminarium i powrotem do pracy w fabryce, aby wesprzeć rodzinę. Biskup Diecezji Hartford dostrzegając w Michaelu ogromny kapłański potencjał, zapewnił mu finansowe wsparcie, aby mógł zostać przyjęty do Seminarium Najświętszej Maryi Panny w Baltimore.
Po czterech latach studiów i formacji 22 grudnia 1877 roku w katedrze pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Baltimore (pierwszej katolickiej katedrze w USA) Michael przyjął święcenia kapłańskie z rąk arcybiskupa (późniejszego kardynała) Jamesa Gibbonsa. Kilka dni później w obecności owdowiałej matki, ks. Michael J. McGivney sprawował swoją pierwszą publiczną Eucharystię w kościele pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Waterbury, rozpoczynając życie jako ksiądz, który realizował intensywne i trudne powołanie, w czasach, gdy przewidywana długość życia wynosiła niespełna 40 lat.