Kapłaństwo Ksiądz McGivney został wikariuszem przy kościele pw. Najświętszej Maryi Panny w New Haven, pierwszej katolickiej parafii w tym ruchliwym, portowym mieście. Tam zetknął się z wyzwaniami braku kapłanów, parafialnych długów, chorób i z wrogością wobec katolików.
Realizując swoją strategiczną wizję, ksiądz McGivney ściśle współpracował z katolickimi przywódcami z New Haven. Wspólnie gromadzili się w podziemiach kościoła pw. Najświętszej Maryi Panny, by odkrywać ideę katolickiej wspólnoty bratniej. W 1882 roku założył Rycerzy Kolumba, bratnią organizację dla katolickich mężczyzn.
W listopadzie 1884 roku ksiądz McGivney został mianowany proboszczem parafii pw. św. Tomasza w Thomaston, przemysłowym mieście oddalonym około 50 kilometrów od New Haven. Przez sześć lat posługi w parafii pw. św. Tomasza ks. McGivney zapisał się w pamięci wiernych jako wyjątkowy proboszcz, który budował silne więzi ze swymi parafianami oraz dbał o ich duchowy rozwój i doczesny dobrobyt. Rozwijał również działalność misyjną Kościoła, podróżując co niedzielę powozem konnym, aby odprawić Mszę świętą w dwóch odległych od siebie miejscowościach.