Natomiast w kolejnym roku, w centralnych rozgrywkach, grał w Grupie II (AKS Chorzów, Cracovia, Rymer Niedobczyce/Rybnik, RKU/Zagłębie Sosnowiec, Radomiak Radom, Gedania Gdańsk, Orzeł/Glinik Gorlice, ZZK/Kolejarz Łódź, Grochów Warszawa)) zajmując w niej 6 miejsce. Dało to ostatecznie 18 lokatę w kraju, ale oznaczało brak awansu do nowo powstającej I ligi. Był to ostatni jak dotąd (kwiecień 2020) występ jakiegokolwiek toruńskiego klubu na najwyższym poziomie rozgrywek piłkarskich.
Toruńska dominacja Nie wiadomo jak potoczyłaby się historia klubu, gdyby od razu w pierwszym po spadku sezonie powrócił do I ligi. Pomorzanin wygrał Klasę A sezonu 1948 i zagrał w eliminacjach do I ligi (Klas A było w Polsce 20, więc zwycięstwo nie oznaczało automatycznego awansu), które przegrał... zaledwie gorszym bilansem bramek z Szombierkami Bytom (Baildon Katowice i Legia Krosno tylko statystowały). Klub pozostał więc na drugim poziomie rozgrywek, z tym, że odtąd był to poziom centralny - II liga (Klasa A stała się poziomem trzecim). W tejże drugiej lidze klub spędził kolejne 4 lata, aż w roku 1952 spadł. Spadek związany był z kolejną reorganizacją rozgrywek - z czterech grup drugiej ligi utworzono jedną, a w miejsce kilkunastu okręgowych Klas A utworzono kilka makroregionalnych 3 lig.