Pomorzanin spadł z 2 ligi, ale wygrał baraż ze Stalą Nakło (2:0 i 5:1) i pozostał w 3 lidze (przegrywając ten baraż, spadłby z ligi 2 od razu do 4!). Spędził w niej kolejne 4 lata, potem na krótko powrócił do 2 ligi, a spadek z niej w roku 1959 był ostateczny - Pomorzanin nigdy już nie zagrał na tak wysokim poziomie ligowym (zresztą na powrót jakiegokolwiek toruńskiego klubu na drugi poziom ligowy trzeba było czekać do roku 1993, kiedy udało się to na krótko Elanie Toruń).
Od tego momentu aż do końca XX wieku klub grał w 3 lidze, z krótkimi tylko okresami spadków na 4 poziom ligowy, będąc przez cały ten okres (tj. od 1945) najwyżej notowanym klubem w Toruniu, z wyjątkiem sezonu 1961/1962 kiedy dał się wyprzedzić Gryfowi Toruń. Zresztą dopiero w latach 60. pojawiła się poważna konkurencja, właśnie w postaci Gryfa, wcześniej wszystkie pozostałe drużyny toruńskie grały na niższych poziomach rozgrywek niż Pomorzanin.
+Bezpośrednia rywalizacja Gryfa i Pomorzanina w latach 60. XX wieku.x1961/19621962/19631963/19641964/19651965/19661966/19671967/19681968/19691969/19703 liga1. GRY4. POM4. POM5. GRY1. POM9. GRY1. POM8. GRY6. POM8. GRY10. POM13. POM14. GRY4 liga1. POM3. GRY1. GRY6. GRY16. POM GRY= Gryf, POM = Pomorzanin.