W 1992 bp Marian Przykucki, na prośbę proboszcza, powołał do istnienia parafialne Gdyńskie Liceum Katolickie – dziś placówka publiczna Zespół Szkół Katolickich. W tym samym czasie wykonana została z brązu rzeźba na krzyż w prezbiterium, przedstawiająca Chrystusa Ukrzyżowanego; wysoka na 3,5 metra, ważąca 1,5 tony – według projektu Tomasza Misztala.
25 marca 1992 – papież Jan Paweł II wydał bullę Totus Tuus Poloniae Populus reorganizującą administrację kościelną w Polsce i zgodnie z tymi zmianami, parafia stała się częścią Archidiecezji Gdańskiej.
Na początku maja 1992 z odlewni firmy Felczyńskich w Przemyślu odebrano trzy dzwony o łącznej wadze blisko trzech ton, a 31 maja Tadeusz Gocłowski CM – arcybiskup metropolita gdański dokonał poświęcenia dzwonów, które wkrótce zawisły w wieży kościoła. Trwało zagospodarowywanie terenu przykościelnego. W 1997 wykonano techniką sgraffito sceny z życia św. Andrzeja Boboli na ścianach prezbiterium. W 1997 roku tą samą techniką wykonano nowe stacje Drogi Krzyżowej oraz obraz Ostatniej Wieczerzy według obrazu Salwadore Dali – zaprojektował i wykonał Tomasz Bielak. Zainstalowano włoskie nagłośnienie oraz zamontowano ze stali nierdzewnej balustrady na chórach górnego kościoła.