W 1998 wymieniono okno nad głównym wejściem do kościoła i osadzono w nim witraż przedstawiającym Sąd Ostateczny. W 1999 zostało odmalowane wnętrze kościoła. W roku 2001 odnowiono plebanię i dom katechetyczny, włączając wykonanie prac dekarskich. W domu katechetycznym działało Gdyńskie Liceum Katolickie, do którego w roku 2000, po reformie oświaty, dołączone zostało Publiczne Klasyczne Gimnazjum Katolickie.
W 2002 obie szkoły stały się szkołami publicznymi prowadzonymi przez parafię (bez jakichkolwiek opłat – a więc otwarte na młodzież z biedniejszych rodzin) i przyjęły nazwę Zespół Szkół Katolickich im. Jana Pawła II.
W roku 2002 odnowiono zewnętrzną elewację kościoła. Z zachowanych dokumentów nie wynika, aby poprzedni – stary kościół, był konsekrowany. Nowy kościół; poświęcony w stanie surowym 30 listopada 1985, doczekał się konsekracji i umieszczenia w mensie ołtarza relikwii św. Andrzeja Boboli w 65–tą rocznicę jego kanonizacji oraz utworzenia parafii tj. 27 kwietnia 2003, której dokonał abp Tadeusz Gocłowski CM – metropolita gdański.
Decyzją abpa Sławoja Leszka Głódzia, metropolity gdańskiego, z dnia 20 lutego 2011 parafia została mianowania siedzibą dekanatu.