Bardzo szybko wyszły na jaw wady czołgu – choć M3 wykazał w wielu dziedzinach wyższość nad czołgami brytyjskimi (wysoka niezawodność, lepsze uzbrojenie i opancerzenie). Szczególnie poważnym problemem była wysoka sylwetka, co na płaskiej jak stół pustyni czyniło zeń łatwiejszy do trafienia cel. Szybko okazało się również, że 37 mm działko ppanc nie jest już w stanie sobie poradzić z coraz lepiej opancerzonymi pojazdami niemieckimi. Choć do armaty kal. 75 mm była amunicja ppanc., to umieszczenie działa w sponsonie bardzo utrudniało trafienie ruchomych celów, a jego niskie położenie powodowało konieczność wystawienia całego pojazdu na ostrzał przeciwnika. Innym problemem (zwłaszcza w Tunezji) były nie najlepsze możliwości pokonywania terenu. Aby lista wad była pełna należy doliczyć niewystarczające opancerzenie w chwili gdy pojawiły się na polu walki niemieckie czołgi i działa samobieżne wyposażone w długolufowe działa. Było to jedną z wielu przyczyn ogromnych strat w najbardziej znanym epizodzie z udziałem amerykańskich M3 czyli bitwie o przełęcz Kasserine w Tunezji na przełomie stycznia/lutego 1943 roku.