Dnia 29 września 1944 r. poświęcono kościół pod wezwaniem św. Wojciecha Biskupa i Męczennika i oddano pod zarząd ks. Antoniego Zalewskiego, który jako rektor kościoła wraz z ks. Janem Zabanskim prowadził prace duszpasterska aż do roku 1961, kiedy to kościół przejęło Arcybiskupie Wyższe Seminarium Duchowne, które zostało usunięte z budynku przy ul. Słonimskiej 8.
Pierwsze nabożeństwo katolickie zostało odprawione 31 października 1944 r. w intencji 18 tys. Polaków pomordowanych i pochowanych w Grabówce koło Białegostoku.
Po II wojnie światowej Dnia 29 grudnia 1955 r. Konsystorz Kościoła Ewangelicko-augsburskiego wniósł sprawę do Sądu Wojewódzkiego w Białymstoku przeciwko Prezydium MRN w Białymstoku, rzymskokatolickiej Kurii Arcybiskupiej oraz Miejskiemu Zarządowi Budownictwa Mieszkaniowego o zwrot nieruchomości i kościoła. Proces trwał do 1972 r., to jest do czasu zawarcia polubownej umowy między Konsystorzem a rzymskokatolicką Kurią Arcybiskupią. Na mocy tej umowy posesja wraz z budynkami i kościołem stała się własnością Kurii Arcybiskupiej w Białymstoku.