W latach 1961–1979 był kościołem seminaryjnym. Pracę duszpasterską sprawowali Księża Profesorowie. Każdorazowy Rektor Arcybiskupiego Wyższego Seminarium Duchownego był rektorem kościoła. I tak w kolejności: biskup Władysław Suszyński, ks. infułat Antoni Cichoński i ks. prałat dr Stanisław Piotrowski. Od 1964 r. w kościele św. Wojciecha odbywały się rekolekcje akademickie. W 1961 r. rekolekcje dla inteligencji prowadził tu ks. Karol Wojtyła z Krakowa - papież Jan Paweł II.
Ustanowienie parafii Dnia 26 sierpnia 1979 r. dekretem Kurii Arcybiskupiej w Białymstoku została erygowana parafia pod wezwaniem św. Wojciecha Biskupa i Męczennika. Dekret niniejszy wszedł w życie dnia 9 września 1979 r. Pierwszym proboszczem został ks. prałat dr Zygmunt Lewicki.
Parafia w III RP Począwszy od 25 stycznia 1997 r. w kościele przechowywane są Relikwie św. Wojciecha przekazane przez Prymasa Polski, Kardynała Józefa Glempa. Z racji na ten fakt, kościół podniesiony został do rangi diecezjalnego Sanktuarium Św. Wojciecha. W dniu 26 czerwca 2011 roku obowiązki proboszcza parafii przejął ks. prałat Jan Wierzbicki. Obecnie parafia liczy ponad 8 tys. wiernych.
Dnia 15 września 2013 r. doszło do pożaru.