Poza terenami górskimi w ich obrębie łańcuchów górskich występują wysoko położone kotliny jak na przykład Kotlina Issykkulska czy też wschodni skraj Kotliny Fergańskiej. Kirgistan jest krajem położonym w strefie sejsmicznej.
Klimat 300px|thumb|Wysokie partie Tienszanu Kirgistan leży na szerokościach geograficznych, które w wielu miejscach świata są obszarami podzwrotnikowymi. Jednak ukształtowanie terenu, a co ważne wysokość nad poziomem morza warunkuje istnienie klimatu umiarkowanego ciepłego. Klimat tego kraju cechuje się dość dużą suchością i nierównomiernym rozkładem opadów na obszarze kraju. Klimat ma cechy klimatu kontynentalnego.
Temperatury są skrajne, zwłaszcza na przestrzeni roku i różnią się między kotlinami a terenami wysokogórskimi. Latem w górach średnie temperatury wynoszą około 5 °C do 20–25 °C w dolinach. Zimy są surowe, na terenach najniżej położonych średnie wartości wynoszą od -1 °C do -8 °C, wysoko w górach do -27 °C. W nocy występują silne mrozy.