Ilości opadów są dość niewielkie. W kotlinach średnia spada około 180 mm rocznie, a ilość opadów wzrasta wraz wysokością do maksymalnie 1 000 mm rocznie na dużych wysokościach, przy czym są to już opady głównie w postaci śniegu. Najwięcej opadów notuje się na południowych i zachodnich stokach Tienszanu. Warto zwrócić uwagę na fakt, że maksima opadowe przypadają na miesiące letnie.
Wody Kirgistan jest dosyć zasobny w wody powierzchniowe ze względu na obecność wysokich masywów górskich i występujących na dużych wysokościach wysokich opadów atmosferycznych. Ponadto tereny wysokogórskie są pokryte śniegiem, która ma istotny wpływ na obecność rzek w kraju. Większość kirgiskich rzek jest zasilana wodami pochodzącymi z lodowców i śniegów. Lodowce i wieczne śniegi zajmują około 3% powierzchni kraju, czyli około 6500 km².