Flora Szata roślinna ze względu na rzeźbę terenu cechuje się piętrowością. Na północy kraju, u podnóża Tienszanu rozciągają się pustynie i półpustynie. Ponad nimi znajdują się stepy, gdzie następnie wraz ze wzrostem wysokości teren przechodzi w górski lasostep. Na tych terenach rosną lasy liściaste, które przechodzą w lasy świerkowe. Na terenach wysoko położonych rosną lasy świerkowe z domieszką jodły. W Górach Fergańskich i Czatkalskich rosną lasy liściaste z przewagą orzechowca i dzikich drzew owocowych. Wewnętrzne pasma górskie i tereny wysoko położone są na ogóle bezleśne. Góry Kakszaał too porasta bardzo skąpa roślinność zimnej pustyni wysokogórskiej. Najwyższe partie gór są zajęte przez wysokogórskiej łąki zwane syrtami, a poza nimi występują nagie skały i przede wszystkim wieczne śniegi.
300px|thumb|Górzysty region Ała Arcza Fauna Świat zwierząt jest typowy dla obszarów górskich Regionu Środkowoazjatyckiego. Na terenach leśnych występują takie zwierzęta jak jeleń, niedźwiedź brunatny oraz drapieżniki jak wilk szary i ryś. Wysoko w górach żyje koziorożec syberyjski i największe podgatunki dzikiej owcy jak na przykład archar i argali. Najbardziej okazałym ssakiem Kirgistanu jest irbis a z ptaków orzeł przedni.