Najdłuższą rzeką kraju jest Naryn o długości 616 km. Inne długie rzeki to cieki spływające z Gór Fergańskich, są to Tałas liczący 254 km i Czu o długości 214 km. Kirgistan leży w zlewiskach Syr-darii, która z kolei uchodzi do Jeziora Aralskiego, oraz jeziora Issyk-kul. Te które płyną do owego jeziora nie odgrywają dużej roli, natomiast rzeki płynące w północnym Kirgistanie, są ciekami bezodpływowymi, ponieważ giną w piaskach pustyni południowego Kazachstanu. Na terenie Kirgistanu znajdują się liczne górskie jeziora, największym z nich jest słone jezioro Issyk-kul. Akwen ten leży na wysokości 1607 m n.p.m. i ma powierzchnię 6200 km², a głębokość osiąga około 700 m.
300px|left|thumb|Półpustynny region północnego Kirgistanu Gleby W Kirgistanie dominują gleby inicjalne zwane litosolami, które utworzyły się na skalistym podłożu. Poza nimi występują górskie kambisole, czyli gleby brunatne, które w wielu miejscach są pokryte miąższą warstwą rumoszu skalnego. Na terenach północnego Kirgistanu, na obrzeżach Kotliny Fergańskiej i jeziora Issyk-kul występują pustynne szaroziemy – kserosole, a w niektórych miejscach, na niewielkich powierzchniach istnieją ernosole.