Wprowadzono go na urząd proboszcza podczas pierwszej mszy, odprawianej w parafii 7 lipca 1996, w obecności dziekana dekanatu przymorskiego ks. prał. Jana Majdera. Od tego czasu msze odbywały się w „Betlejemce” aż do 7 października 1996, kiedy to abp Gocłowski poświęcił tymczasową kaplicę utworzoną w części wejścia głównego, pod chórem, budowanego kościoła.
W tym okresie przybyła do parafii figura Matki Bożej Fatimskiej. Figurę poświęcił 27 listopada 1965 papież Paweł VI. Od tamtego czasu figura czekała na swoje docelowe miejsce w Gdańskim Seminarium Duchownym. Od czasu wprowadzenia figury Fatimskiej do kaplicy, ta stała się miejscem wspólnej modlitwy mieszkańców osiedla. To w niej 13 czerwca 1997 wierni uczestniczyli w modlitwach z okazji peregrynacji relikwii św. Wojciecha.
Z zaangażowaniem kontynuowano prace budowlane. Bryłę kościoła częściowo pokryto dachem miedzianym. Pierwszą mszę w tak zadaszonym kościele odprawił bp Zygmunt Pawłowicz – biskup pomocniczy gdański, była to pasterka 24 grudnia 1998. 13 grudnia 1999 abp Gocłowski uroczyście wmurował kamień węgielny poświęcony w Fatimie. W październiku 2000 odbywają się Misje Święte, a prowadzi je paulin – o. Stanisław Jarosz. Na ich zakończenie arcybiskup poświęcił krzyż misyjny na placu przed kościołem.