Od 13 listopada 2000 w prezbiterium, do którego przeniesiono figurę Matki Bożej. 7 listopada 2000 wspólnota parafialna otrzymała specjalne błogosławieństwo podpisane przez papieża Jana Pawła II.
7 kwietnia 2002 parafia uzyskała relikwie św. Faustyny Kowalskiej. Zostały one wystawione na ołtarzu podczas nabożeństwa do Bożego Miłosierdzia w Niedzielę Miłosierdzia Bożego 9 kwietnia. W czerwcu 2002 nieznani sprawcy podpalili „Betlejemkę”. Szeroki zakres zniszczeń wymusił rozbiórkę kaplicy – pierwszego miejsca wspólnych modlitw mieszkańców Żabianki.
W drugiej połowie 2003 kościół został ocieplony od zewnątrz, a także w listopadzie sanktuarium otrzymało od Jana Pawła II świecę z łacińskim tekstem „Ojcze Nasz”. W 2004 wybudowano kaplicę boczną Matki Bożej Fatimskiej, do której przeniesiono figurę Matki Bożej. Od tego czasu codziennie jest tam odprawiana wieczorna msza. W tym samym roku, podczas Kongresu Różańcowego dla przedstawicieli kół różańcowych archidiecezji, abp Gocłowski przekazał sanktuarium piuskę papieża Polaka. W lutym 2006, w związku z peregrynacją obrazu Jezusa Miłosiernego, odbyły się Misje. Abp Tadeusz Gocłowski CM poświęcił wówczas obraz Jezusa Miłosiernego, ofiarowany wcześniej przez jedną z rodzin. 12 września 2008 w parafii przebywał kard. Javier Lozano Barragán – przewodniczący Papieskiej Rady ds.