3 lutego 1945 roku miał stanąć przed Trybunałem Ludowym, lecz budynek sądu został trafiony bombami podczas nalotu i przewodniczący trybunału Roland Freisler zginął podczas ataku. W obliczu zbliżających się wojsk radzieckich grupa prominentnych więźniów, wśród nich Schlabrendorff, były kanclerz Austrii Kurt Schuschnigg i były premier Francji Léon Blum, została pod koniec marca 1945 przewieziona do miejscowości Niederdorf, tam eskorta SS została rozbrojona przez oddział Wehrmachtu, który wkrótce potem poddał się US Army. Schlabrendorff był przesłuchiwany przez amerykański wywiad OSS na włoskiej wyspie CapriThomas Urban: Katyń. Zbrodnia i walka propagandowa wielkich mocarstw. Warszawa 2019, s. 479-480..
Okres powojenny mały|Grób von Schlabrendorffa Latem 1945 r. Schlabrendorff, który doskonale mówił po angielsku, napisał kilka analiz dla OSS na temat antyhitlerowskiego oporu w Wehrmachcie, czym zwrócił na siebie uwagę szefa OSS, generała Williama Donovana. Kiedy po rozwiązaniu OSS Donovan został mianowany doradcą amerykańskiej delegacji na Międzynarodowym Trybunale Wojskowym w Norymberdze, nieoficjalnie włączył Schlabrendorffa do swojego sztabu. Ten ostatni przekonał Donovana, że zbrodnia katyńska musi zostać wykreślona z listy niemieckich zbrodni wojennych, ponieważ nie może być wątpliwości co do sprawstwa Sowietów.