Jednak wszystkie systemy tej linii startowały z poziomu DOS-a i były z nim zgodne wstecz.
Wraz z pojawieniem się systemu Windows 95 firma Microsoft oficjalnie zaprzestała rozwoju MS-DOS jako autonomicznego systemu operacyjnego, ostatnia samodzielna jego wersja nosi numer 6.22. Wersje 7, 7.1 i 8.0 MS-DOS są bazą, na której zbudowane zostały systemy Windows 9x/Millenium, stanowiąc ich integralną część i nie były sprzedawane jako oddzielny produktMożliwe jest ręczne wyodrębnienie plików systemu MS-DOS z systemów Windows 9x/Millenium oraz stworzenie samodzielnej lub równoległej instalacji, jednak do pełnej funkcjonalności przydatne są programy narzędziowe z innych wersji systemu DOS. Dowiedz się więcej ..
W 1993 roku wprowadzony został system Microsoft Windows NT, gdzie Microsoft po raz pierwszy zrezygnował z używania MS-DOS-a jako podstawy systemu operacyjnego. Natomiast usunięcie systemu MS-DOS z linii Microsoft Windows przeznaczonych dla użytkowników domowych było trudnym krokiem, gdyż duża część istniejących wtedy programów, wśród nich wiele gier, było zaprojektowanych wyłącznie dla systemu DOS. Dlatego też Microsoft utrzymywał dwie linie systemów: Windows 9x/Windows Millennium Edition (Me) oraz linię Windows NT.