W Windows Me system MS-DOS został ukryty przed użytkownikiem – bez odpowiednich modyfikacji nie istniała możliwość uruchomienia samego środowiska tekstowego przy starcie systemu – natomiast od wersji Microsoft Windows XP nie są już wydawane systemy operacyjne bazujące na MS-DOS.
Mimo jego braku w nowszych systemach operacyjnych, nadal można korzystać z niektórych poleceń MS-DOS-a po uruchomieniu interpretera poleceń instrukcją cmd. Większość aplikacji napisanych dla systemu operacyjnego MS-DOS w tym przypadku jednak nie będzie się uruchamiać albo będzie działać nieprawidłowo, lecz wtedy można skorzystać z pomocy emulatorów takich jak np. DOSBox.
W 2018 roku Microsoft opublikował kod źródłowy MS-DOS 1.25 i 2.0 na repozytorium GitHub. W 2024 roku opublikowano kod MS-DOS 4.0, a w kwietniu 2026 materiały i źródła z najwcześniejszych wersji DOSa (86-DOS 1.0).
Ważniejsze polecenia MS-DOS {| class="wikitable" |- !width=35%| Polecenie !!