Sześć lat później, po ukończeniu seminarium, Aleksandr Wadkowski podjął wyższe studia teologiczne w Kazańskiej Akademii Duchownej, jako stypendysta państwowy. Uzyskiwał wysokie wyniki w nauce – na podstawie pracy końcowej, obronionej w 1870, uzyskał tytuł nie kandydata, lecz magistra nauk teologicznych. Tematem pracy był stosunek arian do neoplatonizmu. W 1871 został zatrudniony w Akademii jako docent w katedrze homiletyki. Równocześnie był redaktorem naczelnym pisma Prawosławnyj sobiesiednik i pracował nad opisem rękopisów oraz najstarszych ksiąg drukowanych ze zbiorów Monasteru Sołowieckiego przekazanych Kazańskiej Akademii Duchownej. Uzyskał następnie tytuł profesora nadzwyczajnego, co równało się randze radcy stanu.
W 1872 ożenił się z Jelizawietą Pieńkowską, która już wtedy chorowała na gruźlicę i siedem lat później zmarła. Z małżeństwa tego przyszło na świat dwoje dzieci, które Aleksandr Wadkowski wychowywał sam po śmierci żony. W 1882 dzieci zmarły na błonicę.