Pod wpływem utraty bliskich Aleksandr Wadkowski zdecydował się złożyć wieczyste śluby mnisze. Postrzyżony na mnicha 4 marca 1883 r. przez arcybiskupa kazańskiego Palladiusza przyjął imię Antoni, chcąc upamiętnić biskupa kazańskiego Antoniego (Amfitieatrowa). Dwa dni później został wyświęcony na hieromnicha. Kontynuował pracę naukową i dydaktyczną w Akademii, będąc jednym z dwóch wykładowców-duchownych. 14 listopada 1883 otrzymał ponadto godność archimandryty i został mianowany przełożonym monasteru św. Jana Chrzciciela w Kazaniu. W 1884 otrzymał stanowisko inspektora Kazańskiej Akademii Duchownej. Rok później Kazań odwiedził oberprokurator Świątobliwego Synodu Rządzącego Konstantin Pobiedonoscew, który dostrzegł w archimandrycie Antonim pobożnego mnicha, zdolnego organizatora i wykształconego teologa. Dzięki jego poparciu Antoni został przeniesiony na stanowisko inspektora Petersburskiej Akademii Duchownej.
Biskup Biskup wyborski 3 maja 1887 Antoni (Wadkowski) został wyświęcony na biskupa wyborskiego, wikariusza eparchii petersburskiej. Otrzymał ponadto stanowisko rektora Petersburskiej Akademii Duchownej.