Flora i fauna Powierzchnia pierścienia atolu jest w ogromnej większości pozbawiona roślinności. Twardą skałę koralową pokrywa jedynie ok. 20-centymetrowej grubości warstwa luźnych okruchów zwietrzałego koralowca i czerwonawego piasku, zabarwionych na powierzchni na zielono przez glony. Do lat 60. XX w. tylko w jednym miejscu w południowo-zachodniej części wyspy rósł niewielki lasek palm kokosowych (fr. Bois de Bougainville – Las Bougainville’a), posadzony z końcem XIX w. W ciągu dziesięcioleci z rozkładających się liści, owoców kokosowych i ptasich odchodów wytworzyła się w nim cienka warstwa gleby, której grubość nie przekracza 20 cm. Dziś pojedyncze palmy lub ich niewielkie kępy znajdują się jeszcze w kilku innych punktach wyspy. Lokalnie spotykane są również niewielkie płaty roślinności trawiastej. Kilka gatunków roślin zielnych obserwowano okresowo u stóp Skały Clippertona, a budujące ją skały są w wielu miejscach porośnięte przez glony.
W wodach terytorialnych Clipperton stwierdzono występowanie 115 gatunków ryb, ale jedynym przejawem działalności gospodarczej jest połów tuńczyków.